“依存” という単語は濁点付きの「イゾン」と濁点無しの「イソン」の両方の読み方があります。
存の字は 存在(ソンザイ)の「ソン」ですが 保存(ホゾン)や既存(キゾン)など語末に来ると「ゾン」と読むことが多くなります。存の呉音は「ゾン」、漢音は「ソン」と読みます。
「ゾン」の特異な用法として “存じます” と書いて「ぞんじます」と読み、「思います」の謙譲語とすることができます。“異存” の存はこの意味で、相手と違う意見があるという意味です。
漢字には同じ文字を意味によって読み替えるものがあり、“依存” と “異存” の存にもこれが適用されそうに見えますが、この字はそういうものではなく、中国語の普通話拼音でも「ツォン↗︎」(cun2)しか ありません。
“所存です” や “異存ありません” は 思いがある、意見の相違はないという意味合いで どちらも謙譲語ではありますが、あまりに定型的であるため “存(ぞん)” が謙譲語という認識のない人もいます。「思っております」や「おっしゃる通りです」あたりで代用するほうが誤解なく伝わります。
したがってここでは 「ゾン」でも「ソン」でもどちらでも良いという事にはなりますが、この字の読み方で “依存”と“異存”を 区別するのは 年代によって理解が異なるため難しいものがあります。
漢字自体が違う 異と依で区別する方が見た目にも分かりやすいのでこちらのアプローチを取ります。
異は通常「イ」としか読めず、古くはヤ行イ(yi)の音を持つといいます。yearとearの差のようなもので、無理やりカナで書くと「ユィ」とすることができますが、入力には良くても聞き取りは難しいです。
これに対して依 の方は、“帰依”(キエ)などの語で使われる呉音の「エ」の音があります。この依を構成する旁の衣の字は、ひらがなのえの字のもとになった字であり、日本語としてはその読み方の方が伝統的です。
したがって “依存” は「エゾン」または「エソン」とするのが順当であると言えます。
別解としては依の字は訓読みで「より」と読むことができます。これを用いて「よりそん」のようにすることもできます。字数が増えて文字入力では扱いにくくなりますが、耳で聴いた場合は この読み方の方が当面は理解されやすいでしょう。